基因预测软件中的奥古斯都-Augustus的安装

Augustus是用作de novo基因注释(即从头预测)的软件，而这个软件的名字也起得很好：Augustus翻译成中文名字就是奥古斯都,即罗马帝国的开国君主。

而开国君主这层含义与从头预测不谋而合，这样一来，这个名字既指出了这个软件的功能，又有一定的历史底蕴。虽然这是一个从头预测基因的软件，但是现在很多基因注释相关的软件都会依赖于这个软件，例如CAT以及BUSCO，因此这个软件的作用并不是只有从头预测基因这么狭隘。虽然这个软件的官网上有安装教程，也指出了需要的依赖包，但是在安装过程中还是有非常多的trick，因此安装这个软件是非常浩大的工程，这个软件的安装过程比UCSC软件包的安装还要繁琐。

安装需要安装的包(顺序有先后)

libboost
libgsl
libsqlite3
libsuitesparse
lp-solve
bamtools
htslib
bcftools
samtools

1. libboost，参考1和参考2

   ./bootstrap.sh --with-libraries=all --with-toolset=gcc --prefix=/xieduo/lib/boost-1.67.0
   ./b2 toolset=gcc
   ./b2 install --prefix=/xieduo/lib/boost-1.67.0

记得在~/.bash_profile中添加,参考

export ver="boost-1.67.0"
export C_INCLUDE_PATH="/xieduo/lib/${ver}/include:${C_INCLUDE_PATH}"
export CPLUS_INCLUDE_PATH="${C_INCLUDE_PATH}"
export LD_LIBRARY_PATH="/xieduo/lib/${ver}/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"
export LIBRARY_PATH="${LD_LIBRARY_PATH}"

以下所有的库的安装后都要加入环境变量，不再重复。

2. libgsl安装

   cd gsl-2.4
   ./configure --prefix=/xieduo/software/gsl-2.4
   make
   make install

3. libsqlite3

   tar -zxf sqlite-autoconf-3240000.tar.gz
   cd sqlite-autoconf-3240000
   ./configure --prefix=/xieduo/software/sqlite-3.24.0
   make
   make install

4. libsuitesparse

   tar -zxf libSuiteSparse-devel-3.2.0-2.tar

5. lp_solve_5.5.2.5

   wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/lpsolve/lpsolve/5.5.2.5/lp_solve_5.5.2.5_exe_ux64.tar.gz
   mkdir lp_solve_5.5.2.5
   mkdir lp_solve_5.5.2.5/lib lp_solve_5.5.2.5/include
   mv *so lp_solve_5.5.2.5/lib
   mv *h lp_solve_5.5.2.5/include

6. bamtools

   cd bamtools-2.4.0
   mkdir build
   cd build
   cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/xieduo/software/bamtools-2.4.0 ..
   make
   make install

7. 安装htslib

   autoheader
   autoreconf
   ./configure --prefix=/xieduo/lib/htslib-1.8
   make
   make install

8. 安装bcftools

   ./configure --prefix=/xieduo/software/bcftools-1.8 --with-htslib=/xieduo/lib/htslib-1.8
   make
   make install

9. 安装samtools

   autoheader
   autoconf -Wno-syntax
   ./configure --prefix=/xieduo/software/samtools-1.8

修改misc/maq2sam.c中33行中#include "version.h"为#include "../version.h",修改misc/wgsim.c的42行的#include "version.h"为#include "../version.h"。
然后

make
make install

如果不修改就会报错：

gcc -g -O2 -DMAQ_LONGREADS -I. -I../htslib-1.8 -I./lz4 isc/maq2sam-long.o misc/maq2sam.c
misc/maq2sam.c: In function ‘main’:
misc/maq2sam.c:215:42: error: ‘SAMTOOLS_VERSION’ undeclared (first use in this function)
         fprintf(stderr, "Version: %s\n", SAMTOOLS_VERSION);
                                          ^
misc/maq2sam.c:215:42: note: each undeclared identifier is reported only once for each function it appears in
make: *** [misc/maq2sam-long.o] Error 1

正式安装Augustus

1. bam2hints
   修改/xieduo/src/augustus-3.3.1/auxprogs/bam2hints/Makefile中第11行为

   INCLUDES = /xieduo/software/bamtools-2.4.0/include/bamtools

2. bam2wig
   修改

   cd  /xieduo/src/augustus-3.3.1/auxprogs/bam2wig
   mkdir tools
   cd tools
   ln -s /xieduo/software/bcftools-1.8 
   ln -s  /xieduo/lib/htslib-1.8 tabix
   mkdir htslib
   cd htslib
   ln -s  /xieduo/lib/htslib-1.8/bin
   ln -s  /xieduo/lib/htslib-1.8/include
   ln -s  /xieduo/lib/htslib-1.8/lib
   ln -s  /xieduo/lib/htslib-1.8/share
   cp  /xieduo/src/htslib-1.8/libhts.a ./
   cd ../
   mkdir samtools
   cd samtools
   ln -s  /xieduo/software/samtools-1.8/bin
   ln -s /xieduo/software/samtools-1.8/share
   cp  /xieduo/src/samtools-1.8/libbam.a ./
   cp  /xieduo/src/samtools-1.8/bam.h ./
   cp  /xieduo/src/samtools-1.8/sam.h ./

然后将修改samtools/sam.h的28行为

#include "../htslib/include/htslib/sam.h"

修改samtools/bam.h的48和49行为

#include "../htslib/include/htslib/bgzf.h"
#include "../htslib/include/htslib/sam.h"

3. 修改/xieduo/src/augustus-3.3.1/common.mk
   把

   ZIPINPUT = true
   COMPGENEPRED = true
   SQLITE = true

去掉注释.

4. 修改/xieduo/src/augustus-3.3.1/Makefile
   把第15行改为

   INSTALLDIR = /xieduo/software/augustus-$(AUGVERSION)

5. 修改/xieduo/src/augustus-3.3.1/src/Makefile
   第55行改为

   LIBS += -lsqlite3 -Wl,-rpath=/xieduo/lib/sqlite-3.24.0/lib

6. 修改/xieduo/src/augustus-3.3.1/auxprogs/homGeneMapping/src/Makefile
   将第4行和第8行去注释

   BOOST = true
   SQLITE = true

在23行改为

INCLS += -I/xieduo/lib/boost-1.67.0/lib

第28、29行改为

INCLS += -I/xieduo/lib/sqlite-3.24.0/include
LIBS += -lsqlite3 -L/xieduo/lib/sqlite-3.24.0/lib

7. 编译

   make 
   make install